Jmol - a molekulamodellezés Java
Főző Attila László
2007/09/18 22:35
1236 megtekintés
A cikk már legalább egy éve nem frissült, az akkor még aktuális információk lehet, hogy mára elavultak.
A háromdimenziós molekulamodellek akkor érnek igazán valamit, ha a néző elrugaszkodhat a tankönyvi látványtól és interaktívan, a virtuális valóságban saját maga tanulmányozhatja a kémiai vegyületek titkait. A Jmol egy platformfüggetlen, ingyenes megjelenítő, mely kihagyhatatlan a molekulamodellező weblapokból.

Jmol

A Jmol egy JAVA-alapú eszköz háromdimenziós kémiai szerkezetek (molekulák, rácsok, atom- és molekulapályák) megjelenítésére. A kémiai szerkesztő programok által generált sokféle fájlformátumot nagy arányban felismeri, és a megfelelő módon meg is jeleníti. A böngészőben nincs szükség különleges lejátszó telepítésére, mint a Chime esetében. A JAVA környezetre persze szükség van, de ez számos, más internetes alkalmazáshoz is szükséges (pl. chat), ezért nem számít különlegesnek. A Jmol nem újdonság, évek óta létezik, de nyílt forráskódja miatt az internetes közösség folyamatosan fejleszti és egyre több kapcsolódó tartalom, közösség jelenik meg hozzá.

Előnyök, hátrányok

kötésszög mérése

A weblapokba ágyazott Jmol típusú modelleket az egérbillentyűk lenyomásával mozgathatjuk, típustól függően nagyíthatjuk és kicsinyíthetjük. Az egér jobb gombjával egy helyi menüt kaphatunk, melyben a Chime-hoz hasonlóan változtathatunk a megjelenítés módján, illetve kiegészítő információkat is feltüntethetünk. Ilyenek a kötésszögek, kötéstávolságok, atomcsoportok, másodlagos kötések. A Jmol előnyei közé tartozik, hogy kihasználja a modell információtartalmát, ezért a helyi menü annál részletesebb, minél több információt hordoz a szerkezeti fájl. A http://www.ecosci.jp/amino/amino2j_e.html oldalon található aminosavak esetében például a forgatásokon túl kötésszögeket és kötéstávolságokat is mérhetünk az atomokra kattintva. Az 1996 óta működő, A hónap molekulája (Molecule of the Month) oldalon a tartalmak többsége többféle megjelenítő számára is elkészül (Chime, VRML és Jmol). Ezeken könnyen összehasonlíthatjuk a megjelenítőket egymással. A Jmol az online használatban szabadabban alkalmazható. A Chime és a VRML használói könnyebben menthetik az állományokat és offline módban kényelmesebbek a lejátszóik. Jmolban a mentés úgy történhet, hogy megkeressük a fájl nevét (a helyi menüben) és ekkor a böngésző felajánlja a mentés lehetőségét is.

A Jmol használata

a modell menthet

Amennyiben érdekes szerkezeteket szeretnénk megnézni Jmol segítségével, pl. a http://www.edinformatics.com/interactive_molecules/diamond.htm címen a grafit és a gyémánt rácsát, előtte telepítenünk kell az ingyenesen letölthető JAVA virtuális gépet. A kémiai modellek weboldalakra történő beágyazása nem olyan egyszerű, mint a VRML vagy a Chime esetében. A gyakorlott weblapkészítők számára rendelkezésre áll egy szerkesztő eszköz, mellyel mindez megvalósítható.

gyémánt

Linkek

Csatlakozz hozzánk!

Ajánljuk

European Schoolnet Academy Ingyenes online tanfolyamok tanároknak
School Education Gateway Ingyenes tanfolyamok és sok más tanárok számára
ENABLE pilot Program iskoláknak a bullying ellen
eBiztonság Minősítés Minősítési rendszer oktatási intézményeknek