Amit ő ugyanis annak gondolt, az mintegy 4-500 évvel korábbi település volt. A módszeresebb ásatások megállapították, hogy Trója a 3. évezredtől folyamatosan lakott volt, többször elpusztult ugyan, de mindig újjáépítették. Virágkorát a 2. évezred derekán élte. Trója VI. rétegének, a „homéroszi” Trójának városát 10 m magas fal védte, melynek alja kőből épült, és befelé dőlt, ezen állt a függőleges agyagfal. A védművet két nagy bástya egészítette ki.
Belül hasonló módon épült palota állt. Ezt a települést földrengés döntötte romba, s bár lakói hamar újjáépítették, mintegy száz évvel később (Kr.e. 1200 k.) lerombolták, s egy időre elnéptelenedett. Az itt talált tárgyak arra utalnak, hogy Trója ebben a korban komoly kereskedelmi és hatalmi központ volt. Az itteni leletek értelmezése körül azonban napjainkban is komoly, politikától sem mentes vita zajlik: egyesek szerint a városnak semmi köze nincs a göröglakta térségekhez, mások épp az ellenkezőjét vallják.