Az Unió átfogó és specifikus céljait bizonyos horizontális alapelvek egészítik ki, melyeket mindenegyes cél megvalósulásánál érvényesíteni kell. Az alapelvek az EU Bizottság által megfogalmazott két horizontális alapelvet, és Magyarország számára kiemelten fontos prioritásokat fednek, melyek megvalósulása a feltétele a fejlesztések legfelsőbb célja: az életminőség javítása elérésének. A horizontális támogatás, olyan támogatást jelent, amely ágazattól függetlenül meghatározott cél(ok) elérése érdekében nyújtható. Ilyen meghatározott cél lehet a kutatás-fejlesztés, a támogatási célból kedvezményezett vállalatok, a képzés, a foglalkoztatás, a környezetvédelem és a nehéz helyzetbe került vállalatok támogatása.
A Magyarországon érvényesítendő horizontális alapelvek az alábbiak:
Fenntartható fejlődés biztosítása
Az Amszterdami Szerződés értelmében az Unió pénzügyi eszközeit hosszú távon gondolkodva, a gazdasági növekedés, a társadalmi kohézió és a környezet védelme, más szóval a fenntartható fejlődés érdekében kell működtetni. Ennek megfelelően a fejlesztések irányát úgy kell meghatározni, hogy ne veszélyeztessék a környezet minőségét és biztosítsák az erőforrások fenntartható használatát. A környezet és fejlődés ügyének összekapcsolásával biztosítható a folytonos szociális jólét, a jövő generációk igényeinek kielégítése és természeti, társadalmi és kulturális értékeink megőrzése.
Esélyegyenlőség biztosítása
A férfiak és nők közötti esélyegyenlőség demokratikus alapelvét valamennyi politikában és intézkedésben érvényesíteni kell. A nők gazdasági, társadalmi, tevékenységekben való részvételi esélyeit a férfiakéhoz hasonlóan minden esetben biztosítani kell. Magyarország esetében az esélyegyenlőség fogalma - a nemek közötti esélyegyenlőséget kiterjesztve - minden típusú társadalmi esélyegyenlőséget magában foglal.
Foglalkoztatottsági szint növelése
A fejlesztéseknek a foglalkoztathatóság javításán, a vállalkozások ösztönzésén, a munkahelyteremtés támogatásán, a vállalkozások és a munkavállalók adaptációs készségének javításán keresztül elő kell segíteniük a foglalkoztatási szint növelését.
Társadalmi és területi kohézió erősítése
A fejlesztéseknek hozzá kell járulniuk a társadalmi és területi kohézió erősítéséhez, a szegénység és a társadalmi egyenlőtlenségek csökkentéséhez, a közösségek összetartozó erejének előmozdításához, a diszkrimináció minden formája elleni küzdelemhez, különös tekintettel a roma népességre. Erősíteniük kell az intézmények és szolgáltatások kohéziót növelő szerepét.
Egészséges társadalom
A magyar társadalom fizikai és mentális egészségi állapotát tükröző mutatók jelentős javítása az életminőség és versenyképesség szempontjából egyaránt kiemelt fontossággal bír. Az egészségügyi ellátó rendszer átalakítása, a széleskörű szűrővizsgálatok beindítása mellett kiemelt jelentőséget kell kapnia a megelőzés és az egészséges életmód tömeges elterjesztése.
Innovációra alapozott versenyképesség-növekedés
A Nemzeti Fejlesztési Terv végrehajtása során relatív előnyben kell részesíteni az adott fejlesztési környezetben az adott probléma felszámolása érdekében még nem alkalmazott, újszerű, illetve az adott területen a már létező legmodernebb megoldások alkalmazásával megvalósuló projekteket, valamint az olyan fejlesztéseket, melyek példaértékűnek és követendőnek tekinthetők más térségek számára is.