Több rangos hazai természet- és környezetvédő szervezet emelte fel a hangját az ellen, hogy a Dunát a hajózás miatt csatornává silányítsák. Erre az adott okot, hogy az Európai Bizottság 70 milliárd eurót kíván a dunai vízi út fejlesztésére. Ez a lépés a WWF Magyarország (www.wwf.hu)szerint drasztikus beavatkozásokat feltételez a folyóhoz kapcsolódó értékes ökoszisztémákban. A tervek sorában csaknem a teljes hazai Dunaszakaszt és az al-dunai területeket kritikus területként határozták meg, vagyis európai elképzelés szerint nagymérvű fejlesztésre szorulnak. "A mélymerülésű hajók közlekedésének biztosítása (mederszűkítés, kotrás, part védelem, stb. vagy síkvidéken duzzasztók építése) nemcsak magát a folyót, hanem a Duna menti térség vízháztartását, holtág- és mellékágrendszereit, a folyó menti védett természeti értékeket és nemzeti park hálózatunkat is veszélyezteti. A Duna elsősorban folyó és csak negyed-, ötödsorban közlekedési és szállítási útvonal." - nyilatkozta Márkus Ferenc, a WWF Magyarország igazgatója.
Az eddigi információk szerint a szabályozás szinte a teljes magyarországi Dunaszakaszt és az al-dunai területeket érintené. Ez több természetvédelmi szempontból értékes élőhelyet tenne tönkre, ráadásul a Duna még alig heverte ki a közelmúlt drasztikus beavatkozásainak egyikét, a bősi duzzasztómű beindítását. A folyami út megépítése olyan értékes területeket érintene, mint például a Duna szigetei, melyek változatos élőhelyet kínálnak a madárvilágnak. A különböző növénytársulások folytán sok fajnak biztosítanak fészkelő és táplálkozó területet. Háborítatlanságuk szintén jelentős vonzerő a zavarásra érzékeny fajok szempontjából (ragadozó madarak, vadludak). Jellemzőek az ártéri bokorfűzesek, fűz-nyár ligeterdők, a magasabb térszineken a ma már nagyon ritka keményfás társulások, nedves kaszálórétek, a magas partok és a szigetek elején-végén a zátonyszerű kavicspadok. Mindemellett még hosszan lehetne sorolni azokat a természeti kincseket, amiket érzékenyen érintene a szabályozás.
A WWF mellet a Védegylet emelte fel hangját folyóink védelmének érdekében. A Védegylet a Duna, a Tisza és a Dráva természetellenes felhasználása ellen indította el 2003. november 25-én, nagyszabású folyamőri programját. A Dunával kapcsolatban a WWF által megfogalmazott kifogások mellett a Védegylet azt tette szóvá, hogy a folyam megmentése érdekében: " a magyar fél tanúsítson végre következetes és félreérthetetlen magatartást a Szlovákiával folyó tárgyalásokon, melyek egyedüli tárgya a hágai ítéletnek megfelelő, az ökológiai igényeket kielégítő vízmegosztás legyen, a jelenlegi, törvénysértő állapotok felszámolása. Sem gazdasági, sem műszaki érvek nem szólnak amellett, hogy hazánk részt vállaljon az ellenünkre és erőszakkal létrehozott bősi duzzasztómű működtetésében. A magyar diplomácia végre vesse latba minden befolyását, hogy az európai közvélemény nyomása és az Európai Unió közvetítése segítse jogos álláspontunk érvényesülését. Haladéktalanul vessenek véget a folyó hazai szakaszán az árterek különféle ürügyekkel zajló rombolásának, újabb és újabb partszakaszok lebetonozásának. Így Tátnál az elkerülő út ne az ártér rovására, hanem a községtől délre épüljön." - olvasható honlapjukon a www.vedegylet.hu -n.
A Védegylet szerint fontosabb az élővilág megmentése fontosabb a hajózás feltételeinek javításánál. Az erre szánt pénzt inkább a gyászos állapotban lévő vasút fejlesztésére javasolják elkölteni. Továbbá követelik, hogy a Tiszához hasonlóan a Duna hazai szakaszára is készüljön átfogó rehabilitációs terv.
