A gyomorban bizonyos sejtek, az ún. fedősejtek a gyomor üregébe H+ -t ( protont ) és Cl- -t ( kloridiont) juttatnak, vagyis a gyomorban HCl (sósav) található. Mivel ez sav, a pH értéket erősen savasra állítja be, ami károsítja a szöveteket. A gyomorban található ún. fősejtek termelik a pepszinogént, ami a savas pH-n aktiválódik, és alakul át pepszinné. A pepszin egy fehérjebontó enzim, melynek a fehérjeemésztésben betöltött szerepe nem túl jelentős. A gyomor harmadik típusú sejtjei a melléksejtek, amelyek mucint, vagyis gyomornyákot termelnek. A mucin bevonja nyálkahártya felületét, és védi azt az erősen savas gyomornedvtől, valamint a pepszin bontó hatásától. A savas környezet és a fehérjebontó hatás védi a szervezetet a mikroorganizmusoktól, ezáltal a megbetegedéstől. A szövetek védelmét szolgálja a gyomornyák, a HCO3- szekréció, ami közömbösíti a savat, az itt lévő sejtek gyors regenerációs készsége, egy sajátos mechanizmus, ami nem engedi a protonokat a sejtekhez. A szervezet ezenkívül termel olyan anyagokat is, melyek a gyomorra hatva csökkentik a gyomornedv termelést.

Az egészséges gyomorban tehát a károsító és a védő faktorok egymással egyensúlyban vannak. Fekély képződés esetén ez az egyensúly bomlik meg. Az egyik lehetőség, hogy megnő a károsító tényezők hatása, a másik pedig, hogy csökken a védelem mértéke. A fekélybetegség tünetei közé tartoznak az emésztési problémák, a jellegzetes fájdalom és a fokozott motilitás.

A gyomorfekélyre nem jellemző a fokozott sósav szekréció. Itt a problémát a védő- funkció csökkenése okozza. A gyomorfekély 40 éves kor alatt csak elvétve fordul elő. A tünetek mögött pedig gyomorrák is állhat, melyet azonban megfelelő vizsgálattal az orvos kiszűr. A duodenális fekély a duodenumban jön létre. Ez a gyomrot követő vékonybél szakasz latin neve. Erre a típusra a fokozott sósav termelés a jellemző. Daganat ritkán áll a hátterében. Mindkét esetben szerepet játszhat a betegség kialakulásában egy baktérium, mely elpusztítása a fekély gyógyulását elősegíti.

A betegség kezelése esetén cél a fekélyes fájdalom csökkentése, a fekély begyógyítása, és ami nagyon fontos, a fekély ismételt kialakulásának megakadályozása. Számos gyógyszer alkalmazható a terápiában, de a gyógyulás szempontjából az ágynyugalom és a megfelelő diéta betartása is elengedhetetlen.