Nagy álmai megvalósultak ugyan, mégsem végződtek szerencsésen. A Panama-csatorna építése során ugyanis a csatornaépítő társaság 1889-ben a rossz gazdálkodás miatt csődbe ment, így a kisrészvényesek szinte egész vagyonukat elvesztették, Lessep-t pedig ötévnyi börtönre ítélték. Versailles-ban született, 1805-ben. 1825-ben alkonzul-helyettes volt Lisszabonban, három évvel később Tuniszba, azt követően 1832-ben Alexandriába helyezték. Ott kezdte tanulmányozni a Szuezi-csatorna építésének javaslatát, amely Napóleon egy mérnökétől, Le Pére-től származott. Mohamed Alival, az alkirállyal és fiával, Szaíddal ápolt barátsága révén remélte, hogy ő végezheti el e nagy munkát. Kairóban egy pestisjárvány leküzdésével foglalkozott, majd 1839-ben Rotterdamba került. Szolgált Malagában és Barcelonában, majd madridi követ lett. 1849-ben küldöttséget menesztett Rómába, Mazzini köztársaságát próbálva összebékíteni a pápasággal. Amikor Franciaországban konzervatív törvényhozó nemzetgyűlés állt fel, Lessepset visszahívták és megrovást kapott. A francia csapatok restaurálták a pápa hatalmát, az ő diplomáciai pályája pedig félbetört.
1854. november 30-án Mohamed Szaid pasa egyiptomi alkirálytól előzetes, 99 évre szóló koncessziót kapott a Szuezi-csatorna megépítésére. Nagy-Britannia és a Török Birodalom tiltakozása ellenére francia pénzügyi támogatással megalapította a csatorna megépítéséhez szükséges a "Compaigne universelle du Canal de Suez"-t. 1859-69 között a vállalkozásba bekapcsolódó nagytőkések megbízásából vezette a sikeres építkezést. Két térképész, Linant Bey és Moguel Bey segítségével elkészítette az első terveket a Földközi- és a Vörös-tenger összekötésére. Ezt egy nemzetközi mérnökbizottság némi módosítással elfogadta. Az 1858-ban megalakult részvénytársaság tőkéjének felét a lelkes franciák jegyezték. 1859. április 25-én Port Szaídnál Lesseps megtette az első csákányütést. Tíz év múlva, 1869. november 17-én pedig - 10 évig tartó építőmunka után - Eugénia francia császárné ünnepélyesen megnyitotta a Szuezi-csatornát, amely közvetlen összeköttetést teremtett a Földközi-tenger és a Vörös-tenger között. Az avatási ünnepségen jelen volt Eugénie francia császárné, az egyiptomi alkirály, az osztrák császár, Poroszország, Oroszország és Hollandia uralkodója.
A csatorna 161 km hosszú, szélessége 61-91 méter között mozog és 11 m mély. A tényleges hosszúsághoz még hozzáadódik 10 kilométer hosszú horganyzócsatorna Port Saidnál és Szueznél. A csatorna használata mintegy 4500 tengeri mérfölddel rövidíti meg az Európából Dél- és Kelet-Ázsiába vezető hajóutat, amely addig csak Afrika megkerülésével volt lehetséges. 1956 júliusában Egyiptom államosította a víziutat. Az 1967-es arab-izraeli háború után lezárták: 1975. június 5-én nyitották meg ismét. 1875-ben a britek megvették Iszmáíl valamennyi részvényét, s a csatorna többségi tulajdonosai lettek. Lesseps 1869-ben bonapartista képviselőjelölt lett, de megbukott. 1879-ben a Nemzetközi Földrajztudományi Társaság állást foglalt a Panamai földszoros átvágása mellett. A 74 éves Lesseps 1879-ben a Panama-csatorna tervét is elkészítette, és vállalta a lebonyolítást. Ő vezette a kivitelezésre alakított részvénytársaságot, azonban nem tudta felmérni a feladat nehézségeit, úgy vélte, a csatorna zsilipek nélkül is megvalósítható, bár a nyomvonalat 300 m magas vízválasztó és a Charges folyó is keresztezte.
A munka túlnőtt egy magántársaság lehetőségein, s csakhamar elakadt. Lesseps cégét 1889-ben felszámolták. 1892-ben állami vizsgálat kezdődött, s perbe fogták a vállalat csődgondnokait, az pedig 1889-ben csődbe jutott. A botrányt követő perben Lessepset és fiát, Charles-t öt évre elítélték, azonban csak Charles került börtönbe, s a fellebbviteli bíróság később megsemmisítette az ítéletet. A Panama-ügy hatalmas botrány lett, s kihatott a francia állam történetére is. Lesseps a botrány dacára megőrizte népszerűségét. 1894. december 7-én halt meg La Chénaie-ban.
