Az iskola pedagógiai programját ennek megfelelően teljes egészében áthatja az ökológiai gondolkodás - nemcsak a tantervet, a különórákat, foglalkozásokat, de még az osztálytermek berendezését illetően is. Minden osztály egy-egy csöppnyi "rezervátumot", "élő sarkot" működtet saját tantermében, amelynek "lakóiról" a diákoknak maguknak kell gondoskodniuk: ők a felelősek a halak, hörcsögök, tengerimalacok, papagájok etetéséért, illetve a zöld környezetet szimbolizáló, egyúttal a termeket is otthonosabbá tévő növények öntözéséért.

Az ökológia tantárgy megalapozásaként az alsó tagozaton emelt szintű természetismeretet oktatnak, amelyet a 3-4. évfolyamon megjelenő délutáni foglalkozások mélyítenek tovább, majd ötödik osztálytól a környezetvédelem önálló tantárgyként szerepel a gyerekek órarendjében. Az iskolában tanultakat havonta két alkalommal a tananyaghoz kapcsolódó kirándulások, illetve erdei iskolák és a nyári szaktáborok segítenek feldolgozni.

Az elméleti oktatáson túl nagy hangsúlyt helyeznek a gyakorlatra is: valamennyi elsős faültetéssel kezdi meg tanulmányait, minden osztályteremben szelektív hulladékgyűjtést valósítanak meg, az iskola udvarán pedig madáretetők, saját gondozású biokert és komposztáló példázza a környezet, illetve a környezetvédelem fontosságát.

Az ökológiai nevelés mellett az iskola kiemelt figyelmet forsdít az idegen nyelvek, a számítástechnika, a művészetek, valamint a sport oktatására is. Az angol nyelv tanulását a diákok már az első osztályban megkezdik, a felső tagozaton megvalósított emelt óraszámnak köszönhetően pedig már a nyolcadik osztály végére elérhető közelségbe kerül számukra a középfokú nyelvvizsga. A hatékonyság érdekében a második idegen nyelvet nem kötelező jelleggel, hanem választható formában oktatják.
Az iskola pedagógiai programja az első osztálytól kezdve kiemelt hangsúlyt helyez a számítástechikára, amely nélkül - felismerése szerint - a világ információtengerében ma már szinte lehetetlen eligazodni. A tanulóknak a nap minden órájában lehetőségük van a gyakorlásra, mivel az ismeretek elsajátításához szükséges gépek, felszerelések minden osztályteremben megtalálhatók.

A szellem és a fizikum fejlesztésének helyes arányait megtartandó a hagyományos testnevelés órák mellett a diákok heti egy alkalommal úszáson vesznek részt, valamint kedvük szerint önvédelmi- illetve teniszórákat vehetnek. A harmonikus személyiségfejlesztés érdekében az iskola a művészeti nevelés módszereiteit is beépítette pedagógiai programjába: a gyerekek a zenei alapképzésen felül furulyázni tanulnak, délutánonként pedig zongora-, tánc- illetve színjátszó órákat vehetnek.

Az iskola szellemiségét és munkáját egyszerre gyermek- és eredménycentrikus hozzáállás jellemzi. Ez utóbbi érdekében évfolyamonként mindössze egy, maximum húszfős osztály indul. Az értékelési rendszerre a pozitív megerősítés jellemző, nem alkalmaznak fekete pontot, intőt, beírást. A tanulók negyedévente részletes írásbeli értékelést visznek haza, amit az úgynevezett "Tudósító füzet" bejegyzései egészítenek ki, amelyből a szülők naprakész tájékoztatást olvashatnak gyermekük előmeneteléről. Az intézmény vezetői hangsúlyozottan nem a tanulók kiválogatása, hanem az iskola és a pedagógusok magas színvonalú oktató és nevelő munkája révén szeretné elérni, hogy diákjai biztos alapokkal nyerjenek felvételt az általuk választott középiskolákba. A minőségi oktatás megvalósításán túl az iskola alapvető célkitűzése, hogy minél szorosabban együttműködjön a szülőkkel, akik maguk is bejönnek a suliba focizni, kosarazni, sőt a tanárokkal közösen még irodalmi kávéházat is tartanak.

A Csillagjárósok minden évben változatos és izgalmas programokkal, önkéntes akciókkal emlékeznek meg a fontosabb ökológiai dátumokról; a takarítási világnapról, az állatok világnapjáról, a Föld, vagy a víz világnapjáról, a nemzetközi klimaváltozási világnapról, vagy a nemzetközi ne vásárolj semmit napról is. Az iskola tanulói az elmúlt évben "TV kikapcs-élet bekapcs" szlogennel országos akciót indítottak útjára, hogy ily módon hívják fel a figyelmet arra, milyen értékeket - család, barátok, hobbi, testmozgás - szorít akaratlanul is háttérbe a televízió.

Az iskolát fenntartó Csillagjáró Iskolaalapítvány küldetéseként a magyar lakosság ökológiai tudatformálásában való aktív részvételt, valamint egy Közép-Kelet-Európában egyedülálló ökológiai általános és középiskola, illetve centrum megépítését tűzte ki célul. A központos a tervek szerint olyan országos hálózattá fejlesztenék, amely szerepet vállal a környezettudatos gondolkodásnak, illetve a hozzá kapcsolódó módszereknek mind a felnövekvő nemzedék, mind az idősebb lakosság körében való megismertetésére, népszerűsítésére.