Jmol

A Jmol egy JAVA-alapú eszköz háromdimenziós kémiai szerkezetek (molekulák, rácsok, atom- és molekulapályák) megjelenítésére. A kémiai szerkesztő programok által generált sokféle fájlformátumot nagy arányban felismeri, és a megfelelő módon meg is jeleníti. A böngészőben nincs szükség különleges lejátszó telepítésére, mint a Chime esetében. A JAVA környezetre persze szükség van, de ez számos, más internetes alkalmazáshoz is szükséges (pl. chat), ezért nem számít különlegesnek. A Jmol nem újdonság, évek óta létezik, de nyílt forráskódja miatt az internetes közösség folyamatosan fejleszti és egyre több kapcsolódó tartalom, közösség jelenik meg hozzá.

Előnyök, hátrányok

kötésszög mérése

A weblapokba ágyazott Jmol típusú modelleket az egérbillentyűk lenyomásával mozgathatjuk, típustól függően nagyíthatjuk és kicsinyíthetjük. Az egér jobb gombjával egy helyi menüt kaphatunk, melyben a Chime-hoz hasonlóan változtathatunk a megjelenítés módján, illetve kiegészítő információkat is feltüntethetünk. Ilyenek a kötésszögek, kötéstávolságok, atomcsoportok, másodlagos kötések. A Jmol előnyei közé tartozik, hogy kihasználja a modell információtartalmát, ezért a helyi menü annál részletesebb, minél több információt hordoz a szerkezeti fájl. A http://www.ecosci.jp/amino/amino2j_e.html oldalon található aminosavak esetében például a forgatásokon túl kötésszögeket és kötéstávolságokat is mérhetünk az atomokra kattintva. Az 1996 óta működő, A hónap molekulája (Molecule of the Month) oldalon a tartalmak többsége többféle megjelenítő számára is elkészül (Chime, VRML és Jmol). Ezeken könnyen összehasonlíthatjuk a megjelenítőket egymással. A Jmol az online használatban szabadabban alkalmazható. A Chime és a VRML használói könnyebben menthetik az állományokat és offline módban kényelmesebbek a lejátszóik. Jmolban a mentés úgy történhet, hogy megkeressük a fájl nevét (a helyi menüben) és ekkor a böngésző felajánlja a mentés lehetőségét is.

A Jmol használata

a modell menthet

Amennyiben érdekes szerkezeteket szeretnénk megnézni Jmol segítségével, pl. a http://www.edinformatics.com/interactive_molecules/diamond.htm címen a grafit és a gyémánt rácsát, előtte telepítenünk kell az ingyenesen letölthető JAVA virtuális gépet. A kémiai modellek weboldalakra történő beágyazása nem olyan egyszerű, mint a VRML vagy a Chime esetében. A gyakorlott weblapkészítők számára rendelkezésre áll egy szerkesztő eszköz, mellyel mindez megvalósítható.

gyémánt

Linkek

• Jmol a del.icio.us-ben - http://del.icio.us/tag/jmol