Már egyetemistaként előadásokat tartott a Magyar Mérnök és Építész Egyletben, cikke jelent meg a bécsi Akadémia közlönyében. Ezután figyelt fel rá Mechwart András, a Ganz és Társa gépgyár vezérigazgatója, aki felismerte a villamosság gyakorlati alkalmazásának lehetőségeit és meghívta őt a gyár elektromos osztályának megszervezésére. A budai Kacsa-utcai kis műhelyből fejlődött ki - többek között Zipernowsky tevékenysége nyomán - a híres gyár, a későbbi Ganz Villamossági Művek.
Kezdetben az egyenáramú gépek és az elektromos világítás tökéletesítésével foglalkozott, 1878-ban készítette le első, 56 voltos és 12 amperes dinamóját, amely a Ganz-utcai műhely világítását szolgálta, majd a Fővárosi Takarékpénztár Kálvin-téri palotáját világította be. Ez a berendezése az 1879-es szegedi árvíz idején a védelmi munkák éjszakai menetét tette lehetővé helyszíni áramfejlesztő készülékével.
1881-ben fejlesztette ki javított ívlámpáját, 1882-ben az ő tervei szerint készült el a Nemzeti Színház villanyvilágítása, ezer darab, 20 gyertya fényességű lámpával, az áramfejlesztőket gőzgépek hajtották. Ez volt a világon a harmadik elektromosan bevilágított színház, s itt már váltóáramot használt, bár ekkor még az egyenáram hívei voltak többségben, közéjük tartozott Siemens és Edison is. A váltóáram hasznosítását kutatva, 1883-ban Déri Miksával öngerjesztő, váltóáramú generátort szerkesztett, majd 1889-ben többfázisú áramelosztó rendszerre kaptak szabadalmat.
A szénszálas izzólámpa feltalálása miatt előtérbe került a villamos energia gazdaságos szállítása nagyobb távolságra. A hosszabb, vékony vezetékeken ugyanis az energia nagy része hővé alakult, a drót keresztmetszetét viszont a költség és a súly miatt nem lehetett növelni. Bláthy Ottó Titusszal és Dérivel közösen dolgozták ki a transzformátort, amely magas feszültségűre alakította át az áramot, így a veszteség jóval kisebb lett. Első szabadalmukat 1885. január 2-án jelentették be, ez a nagyfeszültségű váltóáram párhuzamosan kapcsolt transzformátorok segítségével történő elosztásával, a második a tetszőleges áttételű, zárt vasmagos transzformátorral foglalkozott. A transzformátorra, melyet 1885. május 1-jén mutatták be a Magyar Országos Kiállításon, az egész világ felfigyelt. Az ő rendszerük oldotta meg az energiaátvitel régen kutatott kérdését, s utat nyitott az elektrotechnika további fejlődésének.
Zipernowsky 1893-ban megvált a Ganz-gyártól, és a Műegyetem újonnan alapított erősáramú elektrotechnikai tanszékének tanára lett. A professzorok kezdetben idegenkedtek az iparból jött mérnököktől, Zipernowskyt mégis egyhangúlag bízták meg az új tanszék vezetésével. Ebben az évben választotta őt az Akadémia levelező tagjává. Az 1900-as párizsi világkiállításra készített összeállításában 40 találmányának leírását közölte, többek között a egyforgórészes áramátalakítót, az egyvágányú villamosvasutat ismertette. Egy tanulmányában a bécs-budapesti vasútvonalra 200-250 km/óra sebességű, 800 lóerős motorkocsikat javasolt, 10 kV-os vezetékkel. Érdeklődése nemcsak nagyipari megoldásokra, hanem hétköznapi szerkezetekre, háztartási gépek megoldásaira is kiterjedt: vezeték-szerelvényeket, egy bajonettzáras lámpafoglalatot is tervezett. Konstrukciói egyszerű felépítésük, gondos kiképzésük mellett könnyen kezelhetőek voltak. A tervezői készség gazdasági érzékkel, az üzleti lehetőségek és a piaci igények felismerésével egyesült benne.
1924-ig állt az erősáramú tanszék élén, három évtizedes oktatói pályáján mérnökgenerációkat nevelt a gép- és elektromos ipar számára. 1905-től 33 éven át a Magyar Elektrotechnikai Egyesület elnöke volt, 1942. november 29-én halt meg Budapesten. Emlékét az Egyesület Zipernowsky-emlékérme őrzi.
